Sau khi Viện đổi tên và cùng với đó là mở rộng phạm vi và đối tượng nghiên cứu, ở khối chuyên môn, Viện thành lập thêm hai trung tâm (cấp phòng) là Trung tâm nghiên cứu Văn hóa – Văn minh và Trung tâm Nghiên cứu Văn hóa và Phát triển. Trung tâm Nghiên cứu văn hóa dân gian các tộc người thiểu số được đổi tên thành Trung tâm Nghiên cứu văn hóa các tộc người thiểu số và 2 Phòng Nghiên cứu nghệ thuật biểu diễn, Phòng Nghiên cứu nghệ thuật tạo hình được gộp thành một phòng với tên mới là Phòng Nghiên cứu Nghệ thuật. Ngoài ra, ở khối phục vụ nghiên cứu, Viện thành lập mới Trung Tâm nghe nhìn với chức năng là tư liệu hóa hình ảnh và video các thành tố văn hóa dân gian phong tục tập quán, nghi lễ, lễ hội, vv… của các nhóm tộc người. Năm 2013, Viện thành lập thêm hai phòng mới là Phòng Quản lý khoa học và hợp tác quốc tế,  Phòng Nghiên cứu văn hóa đương đại và giải thể Trung tâm Nghe nhìn. Năm 2018, thực hiện chủ trương tinh giản bộ máy, một số phòng được giải thể và sáp nhập. Hiện nay, Viện có 6 phòng chuyên môn, gồm 1) Phòng Nghiên cứu Văn hóa ngôn từ, 2) Phòng Nghiên cứu Văn hóa nghệ thuật, 3) Phòng Nghiên cứu Văn hóa tín ngưỡng, 4) Phòng Nghiên cứu Di sản văn hóa truyền thống, 5) Phòng Nghiên cứu Văn hóa và Phát triển, và 6) Phòng Nghiên cứu Văn hóa đương đại và ba phòng chuyên môn – nghiệp vụ là 1)  Phòng Tổ chức – Hành chính, 2) Phòng Thông tin – Thư viện, và 3) Phòng Biên tập – Trị sự (Tạp chí Nghiên cứu văn hóa Việt Nam).